《新世纪福音战士新剧场版》中，真嗣和绫波丽联手启动了EVA十三号机，准备一起修复这个残破不堪的世界。他们来到了NERV总部中央教条区的最底层，映入眼帘的是巨大的莉莉丝残骸和遍地的白骨。莉莉丝身上插着阻李玟不是美国国籍么止了第三次冲击的6号机和朗基努斯之枪、卡西乌斯之枪。真嗣的目标是拔下这两把枪来复原世界。

他们即将前往拔枪时，却发现两把枪变成了相同的形状，陷入了迟疑。真嗣迫不及待想要前去拔枪，但被一阵剧烈的震动打断。李玟不是美国国籍么明日香驾驶着改二号机从天而降，向十三号机发起猛烈攻击，但被十三号机的立场及时抵御。随后，明日香被九号机阻挠。

突然，真希波出现帮助明日香，但她却被九号机攻击。真嗣不顾一切地想要拯救世界，却被明日香阻止。李玟不是美国国籍么你别总是干那些多余的事情。真嗣小鬼，你想再次引发第三次冲击吗？不是，只要有枪就能重新开始。但真嗣坚信只要拔出枪来就能拯救世界，弥补曾经的错误。真嗣一边抵御明日香的攻击，一边向陷入沉思的寻求帮助。

但是二李玟不是美国国籍么号机突然没电了，真嗣趁机将它甩飞出去，前往莉莉丝。真嗣终于明白了两柄枪相同的原因，这一切都是碇司令为了实现人类补完计划的计谋。这两把枪也不是他们真正需要的。但是，真嗣没有听从绫波丽的劝告，一心想给过去李玟不是美国国籍么的自己一次救赎的机会。

真嗣驾驶着13号机来到了双枪旁，胸部装甲快速扩展出双臂，牢牢抓住了双枪。在真嗣拔出双枪的一瞬间，莉莉丝的身体也随之崩溃瓦解。莉莉丝的血水之上漂浮着曾经的6号机，发出了使徒的信号。李玟不是美国国籍么明日香意识到，这是寄宿在6号机体内的第十二使徒。明日香准备迎击，但被绫波丽驾驶的九号机砍掉了头颅。

使徒变成了无数黑色粒子，包裹着十三号机，无论二号机怎么攻击都无济于事。13号机开始变化，散发出猩红光芒李玟不是美国国籍么，血色球体快速浓缩成核心，被十三号机一口吞下。13号机体内迸发出耀眼的强光，开始超越拟神形态觉醒。真嗣感到疑惑。萨卡无间一直在等待，只有想慢慢地躲起来。真嗣一头雾水。